秘雕魚產生歸根究底，應該是早年環保署所訂定之放流水標準，即「溫排水放流口之水溫不得超過42℃」的規定太寬鬆。以致核二廠出水口溫度在夏季時雖可高達42℃，卻仍合乎環保規定並未違法。但由於室內蓄養實驗結果已知水溫在37℃以上即會產生秘雕魚，因此未來如要使秘雕魚每年夏天不會像核三廠珊瑚白化一樣年年發生（33℃或34℃以上，珊瑚即會白化），也只有當環保署再重新檢討向下修訂此一溫度值。當然若台電能研究更改二廠之發電及溫排水設計，或增加稀釋幫浦等來降低出水口的水溫2-3度，也應能奏效。如確有實際困難，仍然無法改善，則可以再考慮下列方法：
利用夏天畸形魚出現季節，降載或停機歲修。
研究如何使魚苗不致游進出水口內 -- 如將出水口改為核三廠之導流堤式、表面排水、出水口 (堤內) 海底填高，或在出口研究採用噴水、稀釋幫浦、音響、氣泡幕或電流等各種驅魚方法。
堤坊封實、使熱水不致外滲。
- 估計每年產生畸形魚之數量，或資源損失之量，並實施復育計畫，如種苗放流或人工魚礁以彌補魚類資源損失。
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